Database of Intermediates of Enzyme-Catalyzed Chemical Reactions ENIAD

A. A. Moskovsky; Московский А. А.; D. A. Firsov; Фирсов Д. А.; M. G. Khrenova; Хренова М. Г.; V. A. Mironov; Миронов В. А.; T. I. Mulashkina; Мулашкина Т. И.; A. M. Kulakova; Кулакова А. М.; A. V. Nemukhin; Немухин А. В.

doi:10.31857/S0044453723090133

База данных интермедиатов химических реакций ферментативного катализа ENIAD

Авторы: Московский А.А.¹, Фирсов Д.А.¹, Хренова М.Г.¹^,2, Миронов В.А.¹, Мулашкина Т.И.¹, Кулакова А.М.¹, Немухин А.В.¹^,3
Учреждения:
1. Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Химический факультет
2. ФИЦ Биотехнологии РАН
3. ИБХФ имени Н.М. Эмануэля РАН
Выпуск: Том 97, № 9 (2023)
Страницы: 1324-1328
Раздел: ХЕМОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ
Статья получена: 26.02.2025
Статья опубликована: 01.09.2023
URL: https://permmedjournal.ru/0044-4537/article/view/668669
DOI: https://doi.org/10.31857/S0044453723090133
EDN: https://elibrary.ru/XKQAYW
ID: 668669

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Для ферментативного катализа характерны многостадийные химические реакции на пути от фермент-субстратных комплексов до продуктов. В ряде случаев в ходе экспериментальных исследований удается характеризовать структуру и свойства интермедиатов сложных химических реакций в белках. Применение современных компьютерных методов моделирования позволяет существенно дополнить знание о механизмах реакций ферментативного катализа и представить подробные данные о реакционных интермедиатах, включая структуры с атомным разрешением. Накопленные к настоящему времени материалы позволяют создать уникальную базу данных, названную ENIAD (ENzyme-In-Action-Data bank). В статье описаны принципы построения базы данных ENIAD, а также мультиплатформенный веб-интерфейс для доступа к данным (https://lcc.chem.msu.ru/eniad/).

Ключевые слова

ферментативный катализ, реакционные интермедиаты, молекулярное моделирование, базы данных

Список литературы

Варфоломеев С.Д. Химическая энзимология. М.: Научный мир, 2019. С. 543.
Berman H.M., Henrick K., Nakamura H. // Nature Structural Biology. 2003. V. 10. № 12. P. 980. https://doi.org/10.1038/nsb1203-980
Holliday G.L., Andreini C., Fischer J.D. et al. // Nucleic Acids Res. 2012. V. 40. P. D783.https://doi.org/10.1093/nar/gkr799
Nagano N., Nakayama N., Ikeda K. et al. // Ibid. 2015. V. 43. P. D453.https://doi.org/10.1093/nar/gku946
Ribeiro A.J.M., Holliday J.L., Furnham N. et al. // Ibid. 2018. V. 46. P. D618.https://doi.org/10.1093/nar/gkx1012
Furnham N., Holliday G.L., de Beer T.A.P. et al. // Ibid. 2014. V. 42. P. D485.https://doi.org/10.1093/nar/gkt1243
Warshel A., Levitt M. // J. Mol. Biol. 1976. V. 103. P. 227. https://doi.org/10.1016/0022-2836(76)90311-9
Senn H.M., Thiel W. // Angew. Chemie Int. Ed. 2009. V. 48. P. 1198. https://doi.org/10.1002/anie.200802019
Grigorenko B.L., Kots E.D., Nemukhin A.V. // Org. Biomol. Chem. 2019. V. 17. P. 4879.https://doi.org/10.1039/C9OB00463G
Khrenova M.G., Grigorenko B.L., Kolomeisky A.B. et al. // J. Phys. Chem. B. 2015. V. 119. № 40. P. 12838.https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.5b07238
Khrenova M.G., Kots E.D., Nemukhin A.V. // Ibid. 2016. V. 120. № 16. P. 3873.https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b03363
Docker, Inc. https://www.docker.com, 2019.
The Linux Foundation. https://kubernetes.io, 2019.
Brekhov A.T., Mironov V.A., Moskovsky A.A. et al. // J. Phys.: Conf. Ser. 2019. V. 1392. P. 012049.https://doi.org/10.1088/1742-6596/1392/1/012049
PostgreSQL Global Development Group. https://www.postgresql.org, 2019.
Latino D.A.R.S., Aires-de-Sousa J. // Chemoinf. and Comput. Chem. Biol. 2011. V. 672. P. 325.https://doi.org/10.1007/978-1-60761-839-3_13
O’Boyle N.M., Holliday G.L., Almonacid D.E. et al. // J. Mol. Biol. 2007. V. 368. P. 1484.https://doi.org/10.1016/j.jmb.2007.02.065
Almonacid D.E., Babbitt P.C. // Curr. Opin. Chem. Biol. 2011. V. 15. P. 435.https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2011.03.008