INDEL-типирование штаммов парагемолитических вибрионов in vitro и in silico

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

В статье представлены результаты изучения распределения INDEL-генотипов Vibrio рarahaemolyticus в мире и Российской Федерации in vitro и in silico с использованием ранее разработанного способа INDEL-типирования на основании распределения аллелей шести локусов (Vp967, Vp08, Vp619, Vp2256, VpA472 и Vp506). Среди 2105 штаммов V. parahaemolyticus, взятых в исследование, было выявлено 30 уникальных INDEL-генотипов, семь из которых определены как мажорные. При этом выявлена географическая привязанность генотипа парагемолитических вибрионов к месту их выделения. На территории Российской Федерации выявлена циркуляция 17 INDEL-генотипов, преобладающим из которых оказался D2, обнаруженный только в Российской Федерации. Установлено, что предложенный метод INDEL-типирования является полезным инструментом при проведении эпидемиологических расследований, дающим возможность выявлять филогенетические связи между различными изолятами, что в свою очередь позволяет делать выводы об источниках заносов возбудителя на конкретную территорию.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Ольга Сергеевна Чемисова

Донской государственный технический университет

Email: chemisova@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0002-4059-2878

кандидат биологических наук, доцент

Россия, Ростов-на-Дону

Оксана Алексеевна Цырулина

ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

Email: rykowskaya.oxana@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6176-2605

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник

Россия, Ростов-на-Дону

Алексей Сергеевич Водопьянов

ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

Email: alexvod@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9056-3231

кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник

Россия, Ростов-на-Дону

Сергей Олегович Водопьянов

ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

Email: serge100v@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-4336-0439

доктор медицинских наук, ведущий научный сотрудник

Россия, Ростов-на-Дону

Маргарита Мардиросовна Сагакянц

ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: margsagak@rambler.ru
ORCID iD: 0000-0001-8235-3288

научный сотрудник

Россия, Ростов-на-Дону

Список литературы

  1. Wang R. Z., Huang J. D., Zhang W. et al. Detection and identification of Vibrio parahaemolyticus by multiplex PCR and DNA-DNA hybridization on a microarray // J. Genet. Genomics. 2011. Vol. 38. P. 129–135. doi: 10.1016/j.jgg.2011.02.002.
  2. Broberg C. A., Calder T. J., Orth K. Vibrio parahaemolyticus cell biology and pathogenicity determinants // Microbes Infect. 2011. Vol. 13. P. 992–1001. doi: 10.1016/j.micinf.2011.06.013.
  3. Zhang L., Orth K. Virulence determinants for Vibrio parahaemolyticus infection // Curr. Opin. Microbiol. 2013. Vol. 16 (1). P. 70–77. doi: 10.1016/j.mib.2013.02.002.
  4. Nair G. B., Ramamurthy T., Bhattacharya S. K. et al. Global dissemination of Vibrio parahaemolyticus serotype O3: K6 and its serovariants // Сlin. Microbiol. Rev. 2007. Vol. 20, N1. P. 39–48. doi: 10.1128/CMR.00025–06.
  5. Yeung P. S., Boor K. J. Epidemiology, pathogenesis, and prevention of foodborne Vibrio parahaemolyticus infections // Foodborne Pathog. Dis. 2004. Vol. 1. P. 74–88. doi: 10.1089/153531404323143594.
  6. Velazquez-Roman J., Leоn-Sicairos N., Hernаndez-Diaz L., Canizalez-Roman A. Pandemic Vibrio parahaemolyticus O3: K6 on the American continent // Front. Cell. Infect. Microbiol. 2013. Vol. 3. P. 110. doi: 10.3389/fcimb.2013.00110.
  7. Маслов Д. В. Вспышка галофилеза среди населения города Владивостока Приморского края // Здоровье населения и среда обитания. 1997. № 12 (57). С. 17–21.
  8. Ломов Ю. М., Кудрякова Т. А., Македонова Л. Д. и др. Галофильные вибрионы, обусловившие вспышку пищевой токсикоинфекции во Владивостоке // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2001. № 6. С. 3–7.
  9. Рыковская О. А., Мазрухо А. Б., Смоликова Л. М., Монахова Е. В., Чемисова О. С., Подойницына О. А. и др. Vibrio parahaemolyticus серогруппы О3: К6 – возбудитель вспышек пищевой токсикоинфекции в Приморском крае Российской Федерации // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2013. № 4. С. 57–61.
  10. Водопьянов А. С., Водопьянов С. О., Олейников И. П., Мишанькин Б. Н. INDEL-типирование штаммов Vibrio cholerae // Эпидемиол. и инфекцион. болезни. 2017. Т. 22 (4). С. 195–200. doi: 10.18821/1560-9529-2017-22-4-195-200.
  11. Liu F., Hu Y., Wang Q. et al. Comparative genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates // BMC Genomics. 2014. Vol. 15, N1. Р. 469. doi: 10.1186/1471-2164-15-469.
  12. Larsson P., Svensson K., Karlsson L. Canonical Insertion-Deletion markers for rapid DNA typing of Francisella tularensis // Emerg. Infect. Diseases. 2007. Vol. 13, N11. Р. 1725–1732. doi: 10.3201/eid1311.070603.
  13. Чемисова О. С., Водопьянов А. С. Рыковская О. А. и др. Молекулярное типирование штаммов Vibrio parahaemolyticus на основе INDEL-маркеров // Инфекцион. болезни. 2018. № 7 (3). С. 26–30. doi: 10.24411/2305-3496-2018-13004.
  14. Мишанькин Б. Н., Водопьянов А. С., ЛомовЮ.М. Мультилокусное VNTR-типирование культур холерных вибрионов, выделенных в г. Казань во время вспышки холеры летом 2001 года // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2003. № 6. С. 11–15.
  15. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Mol. Biol. Evol. 2011.Vol. 28. Р. 2731–2739.
  16. Xiao Chen, Qiaoyun Zhu, Fei Yu, Wen Zhang et al. Serology, virulence and molecular characteristics of Vibrio parahaemolyticus isolated from seafood in Zhejiang province // PLOS One. 2018. Vol. 13, N 10. e0204892. doi: 10.1371/journal.pone.0204892.
  17. Scallan E., Hoekstra R.M., Angulo F.J. et al. Foodborne Illness Acquired in the United States-Major Pathogens // Emerg. Infect. Diseas. 2011. Vol. 17. Р. 7–15. doi: 10.3201/eid1701.P11101.
  18. Martinez-Urtaza J., Huapaya B., Gavilan R.G. et al. Emergence of Asiatic Vibrio diseases in South America in phase with El Niño // Epidemiology. 2008. Vol. 19, N 6. Р. 829–837. doi: 10.1097/EDE.0b013e3181883d43.
  19. Martinez-Urtaza J., Baker-Austin C., Jones J.L. et al. Spread of Pacific Northwest Vibrio parahaemolyticus // N. Engl. J. Med. 2013. Vol. 369. Р. 1573–1574. DOI: 10.1056 /NEJMc1305535.
  20. Kaneko T., Colwell R.R. Ecology of Vibrio parahaemolyticus in Chesapeake Bay // J. Bacteriol. 1973. Vol. 113, N 1. Р. 24–32. doi: 10.1128/jb.113.1.24-32.1973.
  21. Бузолева Л.С., Летягина А.В., Звягинцев А.Ю., Кашин И.А. Исследование микроорганизмов, поступающих в порт Владивостока с балластными водами судов // Рос. журн. биол. инвазий. 2٠12. № 5 (1). С. 19–31.
  22. Водяницкая С.Ю., Прометной В.И., Телесманич Н.Р., Рыжков Ю.В., Лях О.В., Трут И.В., Иванова Н.Г., Кругликов В.Д., Чемисова О.С. Результаты трехлетнего мониторинга судовых балластных вод в портах Ростовской области // Пробл. особо опасных инфекций. 2014. № 2. С. 108–110. doi: 10.21055/0370-1069-2014-2-108-110.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Дендрограмма, построенная на основе кластерного анализа распределения аллелей INDEL-локусов у штаммов V. parahaemolyticus

Скачать (100KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024