Synthesis of Fluorescent-Labeled Nucleotides for Labeling of Isothermal Amplification Products

V. E. Shershov; Шершов В. Е.; V. E. Kuznetsova; Кузнецова В. Е.; A. S. Zasedatelev; Заседателев А. С.; V. A. Vasiliskov; Василисков В. А.; E. Yu. Shekalova; Шекалова Е. Ю.; G. F. Shtylev; Штылев Г. Ф.; I. Yu. Shishkin; Шишкин И. Ю.; A. I. Levashova; Левашова А. И.; S. A. Lapa; Лапа С. А.; A. V. Chudinov; Чудинов А. В.

doi:10.31857/S0132342323050056

Синтез флуоресцентно-меченых нуклеотидов для маркирования продуктов изотермической амплификации

Авторы: Шершов В.Е.¹, Кузнецова В.Е.¹, Заседателев А.С.¹, Василисков В.А.¹, Шекалова Е.Ю.¹, Штылев Г.Ф.¹, Шишкин И.Ю.¹, Левашова А.И.¹, Лапа С.А.¹, Чудинов А.В.¹
Учреждения:
1. ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Выпуск: Том 49, № 6 (2023)
Страницы: 649-656
Раздел: ПИСЬМА РЕДАКТОРУ
URL: https://permmedjournal.ru/0132-3423/article/view/670552
DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342323050056
EDN: https://elibrary.ru/BAKVTC
ID: 670552

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Осуществлен синтез флуоресцентно-меченых нуклеотидов, содержащих цвиттерионный индодикарбоцианиновый краситель, присоединенный через транс-алкеновый спейсер в положении С5 пиримидинового основания, и проверена их субстратная эффективность в условиях рекомбиназной полимеразной амплификации (RPA). В результате RPA образовались полноразмерные целевые продукты фрагмента гена ebpS возбудителя бактериальной пневмонии (Staphylococcus aureus) с высокой плотностью встраивания флуоресцентной метки.

Ключевые слова

флуоресцентно-меченые нуклеотиды, индодикарбоцианиновые красители, изотермическая амплификация, рекомбиназная полимеразная амплификация

Список литературы

Donatin E., Drancourt M. // Med. Mal. Infect. 2012. V. 42. P. 453–459. https://doi.org/10.1016/j.medmal.2012.07.017
Erdmann V.A., Jurga S., Barciszewski J. // RNA DNA Diagnostics. 2015. P. 259–280. https://doi.org/10.1007/978-3-319-17305-4_13
Huang H.-J., Campana R., Akinfenwa O., Curin M., Sarzsinszky E., Karsonova A., Riabova K., Karaulov A., Niespodziana K., Elisyutina O., Fedenko E., Litovkina A., Smolnikov E., Khaitov M., Vrtala S., Schlederer T., Valenta R. // Front. Immunol. V. 11. P. 594978. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.594978
Erickson D., O’Dell D., Jiang L., Oncescu V., Gumus A., Lee S., Mancuso M., Mehta S. // Lab. Chip. 2014. V. 14. P. 3159–3164. https://doi.org/10.1039/C4LC00142G
Temiz Y., Lovchik R.D., Kaigala G.V., Delamarche E. // Microelectronic Engineering. 2015. V. 132. P. 156–175. https://doi.org/10.1016/j.mee.2014.10.013
Allert R.D., Bruckmaier F., Neuling N.R., Freire-Moschovitis F.A., Liu K.S., Schrepel C., Schätzle P., Knittel P., Hermans M., Bucher D.B. // Lab. Chip. 2022. V. 22. P. 4831–4840. https://doi.org/10.1039/D2LC00874B
Zhao Y., Chen F., Li Q., Wang L., Fan C. // Chem. Rev. 2015. V. 115. P. 12491–12545. https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.5b00428
Oliveira B.B., Veigas B., Baptista P.V. // Front. Sens. 2021. V. 2. P. 752600. https://doi.org/10.3389/fsens.2021.752600
Li J., Macdonald J. // Biosens. Bioelectron. 2015. V. 64. P. 196−211. https://doi.org/10.1016/j.bios.2014.08.069
Deng H., Gao Z. // Anal. Chim. Acta. 2015. V. 853. P. 30−45. https://doi.org/10.1016/j.aca.2014.09.037
Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Emelyanova M.A., Guseinov T.O., Lapa S.A., Nasedkina T.V., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Dyes Pigments. 2017. V. 147. P. 199–210. https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2017.07.052
Tesler J.K., Cruickshank A.L., Morrison E., Netzel T.L. // J. Am. Chem. Soc. 1989. V. 111. P. 6966–6976. https://doi.org/10.1021/ja00200a011
Gandhi V.V., Samuels D.C. // Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids. 2011. V. 30. P. 317–339. https://doi.org/10.1080/15257770.2011.586955
Ikemoto T., Haze A., Hatano H., Kitamoto Y., Ishida M., Nara K. // Chem. Pharm. Bull. 1995. V. 43 P. 210–215. https://doi.org/10.1248/cpb.43.210
Спицын М.А., Кузнецова В.Е., Шершов В.Е., Лапа С.А., Гусейнов Т.О., Заседателев А.С., Чудинов А.В. // Биоорг. химия. 2017. Т. 43. С. 444–448. [Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Lapa S.A., Guseinov T.O., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2017. V. 43. P. 471–475.] https://doi.org/10.1134/S1068162017040136
Zasedateleva O.A., Vasiliskov V.A., Surzhikov S.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Guseinov T.O., Smirnov I.P., Yurasov R.A., Spitsyn M.A., Chudinov A.V. // Nucleic Acids Res. 2018. V. 46. P. e73. https://doi.org/10.1093/nar/gky247
Reddington M.V., Cunninghan-Bryant D. // Tetrahedron Lett. 2011. V. 52. P. 181–183. https://doi.org/10.1016/j.tetlet.2010.10.137