Многолетняя динамика вирусов гриппа A птиц в популяциях кряквы (Anas platyrhynchos) Москвы и Московской области: зависимость от миграционной активности

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Целью данного исследования является выявление биологического разнообразия вирусов гриппа птиц на московских прудах и соотнесение изменения вирусологической картины с особенностями миграции крякв и динамикой численности уток этого вида на водоемах Москвы, попытка объяснения изменений в составе и разнообразии штаммов. В сентябре – ноябре 2008–2023 гг. на берегах городских прудов Москвы и Московской области собирали фекалии кряквы и изолировали из них вирусы гриппа типа А, к которым относятся и вирусы гриппа птиц. Вирусы выделяли стандартным способом путем размножения в куриных эмбрионах. Далее субтипировали изоляты путем ПЦР со специфическими праймерами и проводили секвенирование вирусов гриппа А. В течение 2008–2013 гг. в пробах от крякв преобладали европейские штаммы вирусов, в 2014–2019 гг. – азиатские. Соотнесение этих результатов с изменением миграционной картины у крякв позволяет считать, что европейские штаммы заносились в Московскую область преимущественно из южной Европы, а азиатские стали заноситься из Западной Европы. За исследованный период 2008–2019 гг. наблюдалось снижение числа штаммов вирусов гриппа, выделяемых от крякв на московских прудах. После 2014 года уменьшилась частота и резко упало разнообразие выделяемых вирусов. Причин снижения разнообразия штаммов может быть несколько, в частности – изменение соотношения добытых птиц на весенней и осенней охоте, увеличение численности крякв на зимовках в местах гнездования, а также падение численности озерных чаек, которые тоже являются носителями вирусов гриппа птиц.

Об авторах

А. А. Трещалина

Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова, РАН

Email: serpkh@gmail.com
Россия, Москва, 108819

Е. Ф. Родина

Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова, РАН

Email: serpkh@gmail.com
Россия, Москва, 108819

А. С. Гамбарян

Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова, РАН

Email: serpkh@gmail.com
Россия, Москва, 108819

Е. Ю. Боравлева

Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова, РАН

Email: serpkh@gmail.com
Россия, Москва, 108819

К. В. Авилова

Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова

Email: serpkh@gmail.com

Биологический факультет

Россия, Москва, 119234

С. П. Харитонов

Институт проблем экологии и эволюции имени А.Н. Северцова РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: serpkh@gmail.com
Россия, Москва, 117312

К. Е. Литвин

Институт проблем экологии и эволюции имени А.Н. Северцова РАН

Email: serpkh@gmail.com
Россия, Москва, 117312

Список литературы

  1. Авилова К. В. Структура и динамика численности городской популяции хохлатой чернети (Aythya fuligula, Anseriformes, Anatidae) в Москве // Зоол. журн. 2022. Т. 101. № 11. С. 1255–1267.doi: 10.31857/S0044513422090033.
  2. Авилова К. В. Результаты многолетнего мониторинга видового состава и численности зимующих в Москве водоплавающих птиц // Мониторинг птиц в России. 2023. Т. 2. Ред. М.В. Калякин, О.В. Волцит. М.: Товарищество научных изданий КМК. С. 4–22.
  3. Авилова К. В., Полежанкина П. Г. Зимовки водоплавающих птиц в городах умеренного климатического пояса и определяющие их факторы // Докл. РАН. Науки о жизни. 2023. Т. 510. С. 273–277.doi: 10.31857/S2686738922601060.
  4. Боравлева Е. Ю., Ломакина Н. Ф., Гамбарян А. С. Выделение вирусов гриппа А от птиц на водоемах Москвы // Казарка. Бюлл. Рабочей группы по гусеобразным Северной Евразии. 2012. № 15–2. С. 13–28.
  5. Зубакин В. А. Урбанизированная популяция озерных чаек города Москвы и ближнего Подмосковья: история и закономерности формирования пространственной структуры // Орнитология: история, традиции, проблемы и перспективы. Материалы Всероссийской конференции, посвященной 120-летию со дня рождения Г.П. Дементьева. М.: Товарищество научных изданий КМК. 2018. С. 169–175.
  6. Зубакин В. А., Шведко М. А., Еремкин Г. С., Антоновский Т. Р., Бащинская С. В., Бондарева Н. А., Бугаев В. В., Булатова Ю. В., Виноградова Н. Г., Воронов Д. А., Голышев Д. С., Губина Л. Н., Давыдов Д. В., Данилина Т. И., Диментова Е. А., Жеглов А. А., Жеглова П. А., Иванов А. И., Ивановский К. В., Каращук О. А., Конюхов Н. Б., Краснова Е. Д., Кулыгина Н. К., Лалак У. В., Логинов Ф. В., Макарова Е. Ю., Мардашова М. В., Мелихова Е. В., Морковин А. А., Никонорова М. Е., Новиков О. В., Пахлеванова М. Б., Сапункова Н. Ю., Скачков С. А., Шамин М. С., Шамина К. Ю., Абрамичева П., Авдеев В. П., Боголюбов А. С., Борзенко А. В., Брохович Е. Н., Буйволов Ю. А., Григорьева Н. А., Дворянникова Д., Дупляков А. В., Зайцева С. В., Зоз М. Ю., Иванова М. В., Киенко В., Клочков К. Н., Кудрявцева Е. И., Леденев П. В., Ляпнева О. В., Марченко Е. А., Новикова А. Г., Орлова Е. Ю., Поповкина А. Б., Ройзман Н. Е., Савишкина Ю. С., Сапронова А. А., Сомова И. В., Сонин С. В., Сосновская О., Степанова В. В., Тиунов Н. А., Тиунова М. В., Третьякова И. С., Турская Т. Б. Результаты учета водоплавающих и околоводных птиц на реках Москве и Оке в столице и Подмосковье в зимний сезон 2020/2021 г. // Московка. Новости программы “Птицы Москвы и Подмосковья”, 2021. вып. 33. С. 9–33.
  7. Лакин Г. Ф. Биометрия. 1990. М.: Высшая школа, 352 с.
  8. Львов Д. К., Щелканов М. Ю., Прилипов А. Г., Дерябин П. Г., Федякина И. Т., Галкина И. В., Киреев Д. Е., Фролов А. В., Аканина Д. С., Усачева О. В., Шляпникова О. В., Поглазов A. Б., Морозова Т. Н., Прошина Е. С., Гребенникова Т. В., Забережный А. Д., Яковлев С. С., Щербакова Л. О., Шаповалов А. В., Жалин М. В., Руденко В. П., Пичуев А. Е., Литвин К. E. Варкентин А. В., Стешенко В. В., Харитонов С. П., Самохвалов Е. И., Альховский С. В., Алипер Т. И., Мартыновченко В. В., Лысенко С. Н., Власов Н. А., Непоклонов Е. А. Расшифровка эпизоотической вспышки среди диких и домашних птиц на юге европейской части России в декабре 2007 г. // Вопросы вирусологии. 2008. Т. 53. № 4. С. 18–23.
  9. Романова Э. П., Никишин А. М., Тишков А. А., Мартынова М. Ю. Европа // Большая российская энциклопедия: 2004–2017. [в 35 т.] / гл. ред. Ю.С. Осипов. – М.: Большая российская энциклопедия, 2004–2017. https://old.bigenc.ru/geography/text/4025468.
  10. Харитонов С. П. Индивидуальное использование мест кормежки озерными чайками (Larus ridibundus) // Зоол. Журн. 1983. Т. 62. № 5. C. 748–754.
  11. Щелканов М. Ю., Кириллов И. М., Шестопалов А. М., Литвин К. Е., Дерябин П. Г., Львов Д. К. Эволюция вируса гриппа A/H5N1 (1996–2016) // Вопросы Вирусологии. 2016. T. 61 № 6. С. 245–256.doi: 10.18821/0507-4088-2016-61-6-245-256.
  12. Щелканов М. Ю., Кириллов И. М., Литвин К. Е., Шестопалов А. М., Харитонов С. П., Федякина И. Т., Галкина И. В., Дерябин П. Г., Львов Д. К. Двадцать лет спустя: история распространения гриппа А/Н5 в популяциях птиц (1996–2017 гг.) // Первый Всероссийский Орнитологический Конгресс. 29 января – 4 февраля 2018 г. г. Тверь, Россия. Тезисы докладов. ISBN978-5-9907592-5-1. Тверь: ТГУ, С. 357–358.
  13. Arnal A., Vittecoq M., Pearce-Duvet J., Gauthier-Clerc M., Boulinier T., Jourdain E. Laridae: a neglected reservoir that could play a major role in avian influenza virus epidemiological dynamics // Crit. Rev. Microbiol. 2015. V. 41. P. 508–519. HAL Id: hal-00935832.
  14. Atanasova K., A. De Vleeschauwer, F. Barb, K. Van Reeth. Detailed Pathogenesis of Swine Influenza Virus in the Natural Host // Options for the Control of Influenza VI, Toronto, Ontario Canada. 2007. Abstract O96.
  15. Heydarov R. N., Lomakina N. F., Boravleva E. Yu., Kholodilov I. S., Gambaryan A. S., Mikhailovich V. M., Fesenko E. E. The use of microarrays for the identification of the origin of genes of avian influenza viruses in wild birds // MIR J, 4(1), 21–30. Microbiology Independent Research Journal. 2017. V. 4 № 1. P. 21–30.doi: 10.18527/2500-2236-2017-4-1-21-30.
  16. Hines J. E., Kharitonov S. P. Компьютерная программа “Тест Мардия”, исполняемый файл – big-cent.exe. 1998. Patuxent Wildlife Research Center – Bird Ringing Centre of Russia.
  17. Hofer U. Equine flu after the jump // Nat Rev Microbiol. Mar; V. 20. № 3. P. 126.doi: 10.1038/s41579-022-00688-y. PMID: 35027703.
  18. Kharitonov S. P. Wigeon migration and probable avian flu ways (how it looks from data of the Bird Ringing Centre of Russia) // Research Gate. Presentation. 2021. 37 p.doi: 10.13140/RG.2.2.11584.30725.
  19. Kharitonov S. P., Kharitonova I. A., Litvin K. E. Migration Atlas of European species of palearctic Anatidae with the population outline (from the data of the Bird Ringing Centre of Russia). 2024. 522 р. //http://ringcenter.ru/Migration_Atlas.pdf.
  20. Latorre-Margalef N., Gunnarsson G., Munster V. J., Fouchier R. A.M., Osterhaus A. D.M.E., Elmberg J., Olsen B., Wallensten A., Fransson T., Brudin L., Waldenström J. Does Influenza A affect body condition of wild mallard ducks, or vice versa? A reply to Flint & Franson. Proceedings of the Royal Society of London // Biological Sciences. 2009. № 276 (1666). P. 2347–2349.doi: 10.1098/rspb.2009.0275.
  21. Marchenko V. Y., Susloparov I. M., Kolosova N. P., Goncharova N. I., Shipovalov A. I., Durymanov A. G., Ilyicheva T. N., Budatsirenova L. V., Ivanova V. K., Ignatyev G. A., Ershova S. N., Tulyahova V. S., Mikheev V. N., Ryzhikov A. B. Influenza A (H5N8) virus isolation in Russia, 2014 // Archives of Virology. 2015. V. 160. № 11. P. 2857–2860.doi: 10.21055/0370-1069-2018-1-30-35.
  22. Mardia K. V. A non-parametric test for the bivariate two-sample location problem. J. ROY. STAT. SOC., SER. B. 1967. V. 29. P. 320–342.
  23. Munster V. J., Fouchier R. A. Avian influenza virus: of virus and bird ecology // Vaccine. 2009 Oct 23; V. 27(45). P. 6340–6344. Epub 2009 Mar 9. PMID: 19840670.doi: 10.1016/j.vaccine.2009.02.082
  24. Olsen B., Munster V. J., Wallensten A., Waldenström J., Osterhaus A. D., Fouchier R. A. Global patterns of influenza a virus in wild birds // Science. 2006. V. 312 № 5772. P. 384–388.doi: 10.1126/science.1122438.
  25. Postnikova Y., Treshchalina A., Boravleva E., Gambaryan A., Ishmukhametov A., Matrosovich M., Fouchier R. A.M., Sadykova G., Prilipov A., Lomakina N. Diversity and Reassortment Rate of Influenza A Viruses in Wild Ducks and Gulls // Viruses. 2021. May 27; V. 13(6). P. 1010. PMID: 34072256; PMCID: PMC8230314.doi: 10.3390/v13061010
  26. Robson D. S. The effect of ties on critical values of some two-sample rank tests // BIOMETRICS UNIT, CORNELL UNIV. 1968. BU-258-M. 4 p.
  27. Stech J., Stech O., Herwig A., Altmeppen H., Hundt J., Gohrbandt S., Kreibich A., Weber S., Klenk H. D., Mettenleiter T. C. Rapid and reliable universal cloning of influenza A virus genes by target-primed plasmid amplification // Nucleic Acids Res. 2008. Dec; V. 36(21). E139. Epub 2008 Oct 2. PMID: 18832366; PMCID: PMC2588516.doi: 10.1093/nar/gkn646
  28. Treshchalina A., Postnikova Y., Gambaryan A., Ishmukhametov A., Prilipov A., Sadykova G., Lomakina N., Boravleva E. Monitoring of Avian Influenza Viruses and Paramyxoviruses in Ponds of Moscow and the Moscow Region // Viruses. 2022. Nov 24; V. 14(12). P. 2624. PMID: 36560628; PMCID: PMC9781285.doi: 10.3390/v14122624
  29. Verhagen J. H., Jeugd var der H.P., Nolet B. A., Sialerus R., Kharitonov S. P., Vres de P.P., Vuong O., Majoor F., Kuiken T., Fouchier R. A. Wild bird surveillance around outbreaks of highly pathogenic avian influenza A (H5N8) virus in The Netherlands, 2014, within the context of global flyways // Eurosurvaillance, 2015. V. 20. I. 12, 26 March 2015. P. 21–32.doi: 10.2807/1560-7917.es2015.20.12.21069.
  30. Viksne J., Svazas S., Czajkowski A., Janaus M., Mischenko A., Kozulin A., Kuresoo A., Serebryakov V. Atlas of Duck population In Eastern Europe. 2010. Vilnius: “Akstis”. 199 p.
  31. Webster R. G., Bean W. J., Gorman O. T., Chambers T. M., Kawaoka Y. Evolution and ecology of influenza A viruses // Microbiological Reviews. 1992. V. 56. № 1. P. 152–179.
  32. Wille M., Latorre-Margalef N., Tolf C., Halpin R., Wentworth D., Fouchier R. A. M., Raghwani J,, Pybus O. G., Olsen B., Waldenström J. Where do all the subtypes go? Temporal dynamics of H8–H12 influenza A viruses in waterfowl // Virus Evolution. 2018. V. 4 № 2. vey025. P. 1–12.doi: 10.1093/ve/vey025.
  33. Wille M., Tolf C., Latorre-Margalef N., Fouchier R. A. M., Halpin R. A., Wentworth D. E., Ragwani J., Pybus O. G., Olsen B., Waldenström J. Evolutionary features of a prolific subtype of avian influenza A virus in European waterfowl // Virus evolution. 2022. V. 8. № 2. P. 1–11.doi: 10.1093/ve/veac074.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2024